19时，演习指挥部决定结束当天训练，于是要求航母战斗群和“圣胡安”号返航。就在这一刻，演习指挥部怎么也联络不上“圣胡安”号。夜幕降临时，“企业”号航母战斗群多艘水面战舰看到，“圣胡安”号活动的海域闪过一道红色信号弹———这是潜艇遭遇特大麻烦或者沉没危险时约定的求助信号。

    “企业”号航母战斗群和第12潜艇中队的指挥官们立即断定：“圣胡安”号潜艇出事了。

    防长半夜被惊醒 下命令扩大搜救

    得知消息的海军作战部长麦克·穆伦上将立即用加密电话向国防部长盖茨汇报了“圣胡安”号长时间联络不上的情况，并要盖茨做好“最坏打算”。从睡梦中被唤醒的盖茨一边给海军下达扩大搜救行动规模的命令，一边紧急联络白宫。布什总统的国家安全顾问史蒂芬·哈德雷迅速召集7名助手赶到白宫地下紧急情况室，要求他们做好向总统汇报“不幸事件”的准备。

    美国军方甚至还通知了潜艇官兵的家属。

    14日凌晨4时，美国康州格罗顿海军基地，宪兵分头敲响了“圣胡安”号140名官兵随军家属的门。一名30岁左右的女性家属事后说：“当我看到门前站着两名宪兵，并且表情很不自然的时候，我几乎瘫在地上！不过，由于担心吓到孩子们，我强忍着没有倒下，在一名宪兵的搀扶下，登车来到基地的会议室。”