中科院关于“百人计划”的管理制度经过了多次完善。

　　2002年前，由研究所设岗招聘，由院统一评审后给予资助，研究所引人，由院和国家“买单”，导致出现“资源导向”的盲目引进人才现象，即用人单位为了争取院的200万人才专项经费的支持，不能真正从需要出发引进优秀人才，有些单位引进的人才的研究方向与研究所的科技创新方向不一致，引进后得不到研究所的进一步支持，从而变成了“科研单干户 ”，严重影响了计划实施的成效，甚至造成了人才闲置的局面，浪费了人力、财力。还有些单位虽然获得了“百人计划”的支持，但入选者实际上并未真正回国工作，完全违背了实施“百人计划”的初衷。针对这些问题，中科院改进了管理模式，改变为“研究所自主决策，由院择优支持”，研究所按照标准自主引进，院审查合格后即给予“百人计划”称号，这些入选者回国后在研究所提供不少于70万元经费的支持，工作一年后再参加由院统一组织的择优支持专家评审，通过者方能获得院的专项经费支持。如此一来，研究所可自主地根据自身需要引进合适人才，院则根据人才的水平和综合素质择优给予支持，实现了人、财资源更加有效地配置。

　　中科院一直在与时俱进地改进管理办法，除根据发展需要提高入选标准、加大研究所的前期支持、规范评审程序、加强过程管理外，还努力为“百人”学者创造良好的工作环境和生活条件，减少他们的繁杂事务，使之能够全身心地投入科研工作，提高了计划的实施效果。