一些人文学者在反对所谓“科学主义”时，喜欢引用一些科学原理以子之矛攻子之盾，似乎科学原理本身恰恰揭示了科学方法的缺陷。这些常被提到的科学原理，除了我以前讨论过的光的波粒二像性，还有海森堡测不准原理和哥德尔不完备性原理。但是正如我在讨论波粒二像性时已指出的，引用者往往实际上对这些科学原理缺乏起码的了解，只是望文生义随意发挥罢了。
“测不准原理”更确切的译法为“不确定原理”，这条量子力学的基本原理是德国物理学家海森堡于1927年提出的。它的内容很简单，说的是我们作为观察者，不可能同时准确地测定一个微观粒子的位置和动量，其中一个量愈确定，另一个量的不确定程度就愈大。这是因为我们在观察的时候，为了获得数据，就要与被观察对象发生能量交换，从而不可避免地改变了被观察对象的能量状态。如果要测定一个粒子的位置，那么在测定时施加的能量就会改变其动量，反之亦然。由于一个微观粒子的位置和动量不可能同时测得，我们只能确定一个微观粒子在某处出现的几率。
不确定原理只适用于微观世界，并不能推广到宏观世界，更不应该随意发挥，否定科学观察的客观性，掉进相对主义的泥坑。海森堡引申说：“自然科学并非简单地描述和解释大自然；它是大自然和我们自身相互作用的一部分。”“我们所观察到的并非大自然本身，而是我们的探究方法所揭示的大自然。”这是在阐明观察方法会对观察结果产生影响，即我们所获得的观察结果与采用的观察方法有关，这并不是在否定观察结果的客观性。不同的观察者采用相同的观察方法，仍然应该得到相同的结果，而不是各不相同。
有人归纳出一条“科学原理”，声称“科学家只看到他想看的事情”，将其发明权归在海森堡名下。这说好听点，是误解了海森堡的论述，说难听点，是在为主观偏见和弄虚作假开脱罪责。科学研究特别强调独立可重复性，正是为了避免犯下“科学家只看到他想看的事情”这种主观偏见的错误，尽量获得客观的结果。虽然单个科学家做为凡人，难免会有种种人性弱点和主观偏见，但是科学方法之奇妙，就在于它能够超越人性的弱点，消除主观偏见，最终得出客观的研究结果。
科学方法是我们所能拥有的最可靠的方法。如果连科学方法也靠不住的话，那么没有别的什么方法是更值得我们信赖的。如果连科学家也只看到他想看的事情，那么其他的人士更是戴着有色眼镜了。比如说，对该如何评价海森堡为纳粹德国研制核武器一事，历史学者就很难得出一个确定的结论，为此争论不休，也将会一直争论下去。
海森堡在第二次世界大战期间留在德国，并负责德国的核武器研制项目。核裂变是1938年在德国首先发现的，但是直到战争结束，纳粹德国都未能研制出原子弹。海森堡战后声称这是由于他出于道德良心，有意拖延、阻挠该项目。但是其他人（包括因为海森堡与纳粹合作而与之断交的玻尔）对这种说法嗤之以鼻，认为纳粹德国没能研制出核武器的原因是由于海森堡的无能。有一个笑话说，我们也许可以确定海森堡在这一事件中的道德良心，或者他的能力，但是没法同时确定两者，这才是真正的“海森堡不确定原理”。
